Tout futur ninja commence par passer, dès l'enfance, à l'académie ninja. On y apprend les bases du ninjutsu : le maniement des armes (kunaï et shuriken), le contrôle du chakra, les techniques de base ( substitution, métamorphose et clonage ) et les règles fondamentales du shinobi. Les étudiants ne sont pas considérés comme des ninjas à part entière, et n'ont donc pas le droit de porter de bandeau frontal avant leur promotion au rang de Genin. Cette promotion s'obtient lors d'un examen de fin d'année, dont les modalités varient d'un village ninja à l'autre. À Konoha, il s'agit d'un test de connaissances écrit, et d'une épreuve pratique comme l'exécution d'un jutsu de clonage. À Kiri, il s'agissait autrefois de duels à mort entre élèves : Zabuza Momochi a ainsi tué tous ses camarades de classe pour être promu.
Exemples d'étudiants : Konohamaru, Moegi, Udon.