Il existe en tout cinq grands "pays", considérés comme les plus puissants et les plus influents. Chacun d'entre eux est dirigé par un seigneur féodal (daimyō). Tous possèdent un « village caché », sorte de village de garnison, où vivent et s'entraînent tous les ninjas du pays. Ces villages sont dirigés par un Kage qui est donc le chef des forces armées. Ces pays portent tous le nom d'un élément.
Le village caché de "Kiri " du Pays de l'eau :
Kiri est le village caché du Pays de la brume (Kirigakure no satô). Il est dirigé par le Mizukage. Il était autrefois connu sous le nom du "Village du Brouillard Sanglant", ceci par recoupement de plusieurs faits
Comme Konoha est le Village de la Feuille et Suna le village du Vent par exemple, Kiri est le village de la Brume.
Ce village a longtemps été connu et craint pour sa brutalité et sa férocité envers ses ennemis. Ainsi, lorsque la team 7 rencontre Zabuza pour la première fois, Kakashi explique que les aspirants Genins de Kiri doivent passer un examen particulier: les élèves doivent s'entre-tuer 2 a 2 (ce afin de sélectionner les plus puissants et les plus impitoyables).
C'est le village d'origine de Zabuza Momochi,Raïga Kurosuki et de Kisame Hoshigaki, tous 3 faisant partie des 7 Épéistes de la brume, groupes de puissants ninjas de Kiri possédant chacun une épée légendaire. Ces 7 Épéistes furent déclarés Nukenins (traîtres a leur village) après un coup d'état raté. C'est également le village d'origine de Suigetsu, qui a eu Zabuza comme Senpai (chef d'équipe, mentor).
En général, les Ninjas de Kiri maitrisent différentes techniques Suiton .
Le village caché de "Konoha" du Pays du feu :
Konoha est le village caché du Pays du Feu. Il est dirigé par le Hokage. Konoha signifie feuille.
Le village caché d"Iwa" du pays de la terre :
Iwa est le village caché du Pays de la Terre. Il est dirigé par le Tsuchikage. Ils sont spécialisés dans les jutsus de terre. Durant la guerre contre le Pays du Feu, un grand nombre de ninjas d'Iwa furent tués par le 4e hokage. Deidara est originaire d'Iwa.je sais aussi que le village caché d'Iwa possédait une section spécialisé dans les attentats dont Deidara faisait partie .
Le village caché de "Suna" du pays du vent :
Suna est le village caché du Pays du Vent. Il est dirigé par le Kazekage. Gaara, Temari et Kankurô en sont originaires, ainsi que le Shukaku du désert, "le démon (bijuu) à une queue", dont on dit qu'il fut créé à partir d'un prêtre mort dans le désert. Il est enfermé en Gaara.
Le village caché d"Ame" du pays de la pluie :
Ame est le village caché du Pays de la Pluie. De ce village proviennent plusieurs ninjas qui sont tous d'éventuels ennemis du village Konoha. On dit de ces ninjas qu'il ne faut pas les irriter. Il semblerait que le chef officiel de l'Akatsuki, un dénommé Pein, soit originaire du village caché de Ame. En effet, celui-ci porte sur son front le bandeau au 4 branches verticales, typiques de ce village.
Le village caché de "Kusa" du pays de l'herbe :Kusa est le village caché du Pays de l'Herbe. Il a été attaqué par des ninjas des Roches lors de la 3e Grande Guerre des Shinobis, et défendu avec l'aide de Konoha. Zetsu de l'Akatsuki est originaire de Kusa.
Le village caché de "Kawa" du pays de la rivière :
Kawa est le village caché du Pays de la Rivière. Il ne semble pas être dirigé par un kage.
Hidan de l'Akatsuki est originaire de ce village.
Le village caché de "Taki" du pays de la cascade :
Taki est le village caché du Pays de la Cascade. Il est dirigé par Shibuki. Ses ninjas semblent spécialisés dans les jutsu suiton.
Kakuzu de l'Akatsuki est originaire de ce village.
Le village caché d"Oto" du pays du son :
La plupart de ses ninjas, en majorité issus du clan Fûma, furent trompés par Orochimaru, qui prétendit vouloir redonner sa gloire au clan, et se mirent à son service ou servirent de cobayes à ses expériences sur les jutsus.