Les Jōnins ninja de (classe supérieure) sont des ninjas de niveau supérieur. Les jōnin sont l'élite des ninjas de leur pays, ce sont eux qui sont envoyés lors des guerres pour régir les troupes militaires. Ils réalisent des missions délicates (de rang A ou B) comportant plusieurs assassinats ou des rassemblements d'informations. Le passage de chūnin à jōnin ne se fait pas par un examen mais uniquement lorsque d'autres jōnin ou le Kage estiment que le ninja est apte à le devenir. Les jōnin se voient également attribuer la formation des genin.
Exemples de jōnin :
Kakashi Hatake
Kurenai Yûhi
Hiashi Hyûga
Shikaku Nara
Inoichi Yamanaka,
Fugaku Uchiwa (le père de Sasuke)
Shibi Aburame, Tsume Inuzuka